۱. حسابرسان دیوان محاسبات کشور طی زمانبندی از پیش تعریف شده و بر اساس موادی از قانون دیوان محاسبات کشور ، قانون محاسبات عمومی، قوانین بودجه سالانه و یا بسیاری قوانین دیگر ، عملکرد مالی دستگاه‌های مشمول رسیدگی را مورد بررسی قرار می‌دهند و در صورت مشاهده تخلف از قوانین و مقررات موضوعه، موارد را جهت رسیدگی به دادسرای دیوان محاسبات گزارش مینماید .
۲ . این گزارش و گزارش‌های دیگر واصله از سایر مراجع مانند سازمان بازرسی کل کشور و هر یک از اشخاص حقیقی و حقوقی، توسط دفتر دادسرا در اختیار دادستان یا معاونین وی قرار گرفته و جهت تحقیق و رسیدگی به یکی از شعب دادیاری ارجاع می‌شود .
۳ . دادیاران مستقر در شعبه موضوع را تحت تعقیب قرار داده و عندالاقتضا با مکاتبه با مسوولان ذیربط و یا احضار مسئولان مربوط، تحقیقات را تکمیل و در صورت عدم احراز وقوع تخلف ، طی گردشکاری عنوان دادستان پرونده را مختومه اعلام مینماید و درصورت احراز وقوع تخلف، موارد را طی دادخواست به استحضار دادستان رسانده که پس از امضای وی ،پرونده به ضمیمه دادخواست در اختیار رئیس دیوان قرار می‌گیرد( تبصره ۲ ماده ۲۱ قانون دیوان محاسبات کشور).
۴ . رئیس دیوان پرونده را جهت صدور رای به یکی از هیات های مستشاری ارجاع می‌دهد( تبصره ۳ ماده ۲۱ قانون دیوان محاسبات کشور).
۵ . هیئت مستشاری از طریق دفتر دیوان دادخواست را به خواندگان معرفی شده در دادخواست ابلاغ و برای رسیدگی تعیین وقت میکند.
۶ . خواندگان در موعد مقرر در هیات مستشاری حاضر و یا با ارسال لایحه مکتوب از خود دفاع می نماید.
۷. هیئت مستشاری در صورتی که پرونده را معد صدور رای بداند اقدام به صدور رأی میکند و در صورتی که انجام تحقیقات بیشتر را ضروری بداند پرونده را با صدور قرار رفع نقص به دادسرا عودت می‌دهد.
۸ . چنانچه محکوم‌علیه پرونده و یا دادستان، حسب مورد، به رأی صادره معترض باشند، در قالب تجدیدنظر خواهی یا اعاده دادرسی ، (موضوع مواد ۲۸ و ۲۹ قانون دیوان محاسبات کشور)، اعتراض خود را به‌صورت مکتوب به دفتر دیوان ارائه تا جهت رسیدگی به محکمه تجدیدنظر ( موضوع تبصره۱ ماده ۲۸ قانون مذکور) ارجاع شود.
از آنجا که رسیدگی به پرونده‌ها در دیوان محاسبات تابع تشریفات آیین دادرسی نیست(ماده۳۰ قانون دیوان محاسبات) و تاکنون نیز علیرغم تلاش‌های عدیده، آیین رسیدگی برای دیوان به تصویب نرسیده است، روند رسیدگی در دیوان تابع عرف و تصمیمات مقطعی و سلیقه‌ای دادستان، ریاست و یا سایر ارکان دیوان محاسبات است و بعضاً شاهد بوده‌ایم اعتراض در برخی آرای صادره مورد پذیرش قرار نمی‌گیرد و در برخی دیگر، به دفعات مورد پذیرش قرار گرفته است.